庫藏股票制度對於企業人才之延攬、認股憑證等金融商品之發行及證券市場之安定，有其積極之功能與效用，惟外界擔心可能會引起公司內部人藉機操縱股價、內線交易之弊端。為防範上述弊端，金管會目前在法規規定及查核作業上採取相關措施如下：
一、在法規規定方面：
- 禁止公司關係人於公司買回股份之期間賣出公司股份：依證券交易法第28條之2第6項已規定，公司之關係企業或董事、監察人、經理人之本人及其配偶、未成年子女或利用他人名義所持有之股份，於公司買回股份之期間不得賣出。
- 要求公司對買回股份相關資訊之即時與充分公開：依上市上櫃公司買回本公司股份辦法第2條、第3條及第5條已規定，公司應將公司買回股份相關資訊，包括買回股份之目的、區間價格、方式、預定買回期間與數量及執行期間之執行情形等，依規定即時辦理公告申報，並輸入股市觀測站資訊系統，以確保資訊即時並充分公開揭露。
- 限制公司每日買回數量、委託價格、下單時間及應委任2家以下證券經紀商辦理：上市上櫃公司買回本公司股份辦法第7條對於公司每日得買回股份數量、委託價格、時間及委任之證券經紀商均已有明確之限制規定，以加強控管，並防範內線交易及操縱股價行為之發生。
二、在查核方面：
金管會已督導臺灣證券交易所及證券櫃檯買賣中心依股市監視辦法執行查核作業，凡經發現有內線交易或操縱股價之情事者，均將依規定移送司法檢調單位偵辦，以維持證券市場交易秩序。